📝EN BREF

  • Les antibiotiques comme le céfazoline perturbent le microbiote des reins, réduisant les espèces bénéfiques de Lactobacillus et favorisant la croissance des Enterobacteriaceaa nuisibles, qui sont liées à la formation de calculs rénaux.
  • Le microbiote rénal est généralement stable, mais il peut se déplacer vers des bactéries nuisibles lorsqu'il est exposé aux antibiotiques, ce qui souligne la nécessité d'une utilisation prudente des antibiotiques pour maintenir un microbiome sain.
  • Les espèces de Lactobacillus jouent un rôle protecteur contre les calculs rénaux en dégradant l'oxalate, tandis que les Enterobacteriaceae favorisent la formation de cristaux.
  • Les reins humains et de souris abritent un microbiote à faible densité, sensible aux antibiotiques, qui est perturbé par leur exposition, entraînant une augmentation des bactéries favorisant la formation de calculs.
  • Les oxalates, présents dans de nombreux aliments d'origine végétale, forment des cristaux de calcium oxalate pointus qui conduisent à des calculs rénaux, notamment lorsque la flexibilité métabolique est compromise.

🩺Par le Dr. Mercola

Les calculs rénaux (néphrolithiase) sont des masses solides composées de minéraux et de sels qui se forment à l'intérieur des reins. Lorsqu'un calcul se déplace dans vos voies urinaires, il provoque une douleur intense et entraîne des complications si elles ne sont pas rapidement traitées.

La douleur associée aux calculs rénaux est souvent décrite comme l'une des formes de douleur les plus atroces, rivalisant en intensité avec l'accouchement. Cette douleur sévère se manifeste dans le dos ou le côté, accompagnée d'autres symptômes comme du sang dans les urines, des nausées et des mictions fréquentes.

Les calculs rénaux impactent considérablement votre quotidien, car la douleur limite votre capacité à effectuer des activités courantes et affecte votre bien-être général. De plus, les personnes souffrant de calculs rénaux connaissent des épisodes récurrents, entraînant un inconfort chronique et une angoisse liée à la formation de nouveaux calculs. S'ils ne sont pas traités, ces calculs peuvent entraîner des problèmes de santé plus graves, tels que des lésions rénales, des infections et même une insuffisance rénale terminale, nécessitant une dialyse ou une greffe de rein.

Qu’est-ce qui provoque la formation des calculs rénaux ?

Les calculs rénaux affectent environ 9,25 % de la population adulte aux États-Unis à ce jour, les hommes étant plus susceptibles de développer ces calculs que les femmes. La prévalence augmente avec l’âge, en particulier chez les personnes de plus de 70 ans. Parmi les groupes ethniques et raciaux, les Caucasiens non hispaniques ont les taux de prévalence les plus élevés.

Les traitements conventionnels pour les calculs rénaux se concentrent souvent sur la gestion des symptômes et la prévention des récidives, impliquant généralement des médicaments contre la douleur et des ajustements alimentaires. Cependant, ces traitements ont des limites, telles que des effets secondaires dus aux médicaments. Les calculs rénaux peuvent également récidiver malgré des changements de mode de vie.

Le fardeau financier des calculs rénaux pour le système de santé est également considérable, les coûts atteignant jusqu’à 9 milliards de dollars par an. Par conséquent, il est essentiel de s'attaquer aux facteurs qui contribuent à la formation de calculs rénaux pour prévenir ces résultats négatifs et réduire l'impact global sur les individus et la société.

Les causes sous-jacentes des calculs rénaux sont multiples et complexes ; les principaux facteurs de risque comprennent une faible consommation de liquides, un régime alimentaire riche en sel et des conditions métaboliques, comme l'hypertension. Ces conditions modifient l'environnement chimique au sein des reins, et lorsque l'équilibre des minéraux et des sels dans l'urine est perturbé, cela entraîne la cristallisation de substances comme le calcium oxalate, formant des calculs.

De plus, des facteurs alimentaires comme une consommation élevée d'oxalates et une faible consommation de calcium contribuent à la formation des calculs rénaux. Les prédispositions génétiques et certaines conditions médicales, comme l'hyperparathyroïdie, jouent également un rôle dans l'augmentation du risque.

Une étude récente révèle comment les bactéries dans les reins influencent la formation des calculs

Une étude récente a trouvé qu'un déséquilibre dans le microbiote rénal en raison de l'utilisation d'antibiotiques constitue un autre facteur de risque majeur pour les calculs rénaux. Dans une étude de décembre 2024 publiée dans la revue « Nature Communications », les chercheurs ont exploré l'existence de bactéries dans les reins et examiné comment les antibiotiques affectent le microbiome unique de ces organes.

Ils ont cherché à comprendre la relation entre ces bactéries et la formation des calculs rénaux, en se concentrant spécifiquement sur la cristallisation du calcium oxalate (CaOx), un composant courant des calculs rénaux.

L'étude a utilisé des techniques d'imagerie avancées pour fournir des preuves directes de la présence de bactéries dans les reins. Grâce à l'hybridation in situ par fluorescence (FISH), les chercheurs ont visualisé des bactéries dans les régions médullaire et corticale des reins, confirmant leur présence dans des environnements spécialisés comme les néphrons, les unités fonctionnelles des reins. Cette découverte remet en question la croyance selon laquelle les reins sont stériles et ouvre de nouvelles avenues pour comprendre la santé rénale et les maladies.

Les chercheurs ont utilisé à la fois des modèles murins et des échantillons rénaux humains pour étudier le microbiote rénal. Chez les souris, le céfazoline, un antibiotique fréquemment utilisé lors des chirurgies, a entraîné une diminution significative des espèces bénéfiques de Lactobacillus et une augmentation des Enterobacteriaceae, une famille de bactéries incluant des pathogènes urinaires courants comme E. coli.

Les échantillons rénaux humains obtenus à partir de biopsies et d'autopsies ont également confirmé la présence de communautés microbiennes distinctes dans différentes parties des reins, comme les glomérules et les tubules.

Les mécanismes biologiques derrière les résultats de l'étude impliquent l'interaction entre différentes espèces bactériennes et leurs produits métaboliques. L'un des résultats clés a été que Lactobacillus crispatus (L. crispatus), une bactérie bénéfique, joue un rôle protecteur contre la formation de calculs rénaux.

Elle inhibe la cristallisation du calcium oxalate en incorporant des inhibiteurs naturels, réduisant ainsi la probabilité de formation de calculs. En revanche, la bactérie pathogène E. coli favorise la cristallisation du CaOx en produisant des composés qui facilitent la croissance des calculs.

Autrement dit, lorsque des antibiotiques comme le céfazoline perturbent l'équilibre naturel des bactéries dans les reins, cela réduit les espèces bénéfiques de Lactobacillus et permet aux Enterobacteriaceae nuisibles de proliférer. Ces changements dans l'équilibre délicat du microbiome rénal créent un environnement propice à la formation de calculs.

« [N]otre expérience animale suggère que les antibiotiques conventionnels peuvent modifier le microbiome rénal en faveur de bactéries pathogènes/lithogènes.
Ainsi, pour aider à prévenir la lithogenèse, une bonne gestion des antibiotiques, combinée au développement de thérapies bactériennes alternatives ou plus ciblées, est nécessaire, comme les inhibiteurs de la détection de quorum visant la formation de biofilm ou les probiotiques de Lactobacillus urinaires qui peuvent restaurer les bactéries uroprotectrices dans les voies urinaires », ont déclaré les chercheurs.

Des études précédentes ont lié l’utilisation des antibiotiques à l’augmentation des taux de calculs rénaux chez les enfants

Cette étude n'est pas la première à étudier les effets de l'utilisation des antibiotiques sur le risque de calculs rénaux. En 2018, la revue « Journal of the American Society of Nephrology » (JASN) a publié une étude liant les antibiotiques oraux à un facteur de risque de calculs rénaux. Basée sur les dossiers de santé de 13 millions d'enfants et d'adultes au Royaume-Uni, l'étude a révélé que l'exposition à cinq classes d'antibiotiques oraux était associée à des calculs rénaux dans les trois à 12 mois suivant leur utilisation. L’odds ratio ajusté pour les calculs rénaux était :

  • 1,27 pour la pénicilline à large spectre
  • 1,67 pour les fluoroquinolones
  • 1,70 pour la nitrofurantoïne / méthénamine
  • 1,88 pour les céphalosporines
  • 2,33 pour les sulfamides

Ce qui est encore plus inquiétant, c’est que cette association était plus marquée chez les enfants plus jeunes et est restée statistiquement significative pendant cinq ans après l’exposition, à l'exception de la pénicilline à large spectre.

Les données montrent également que les calculs rénaux deviennent maintenant particulièrement fréquents chez les adolescentes, l'augmentation de l'utilisation des antibiotiques au début de la vie et les régimes alimentaires riches en aliments ultra-transformés étant considérés comme les principaux contributeurs à cette tendance. Selon un article de NBC News :

« Parce que de nombreux antibiotiques sont prescrits de manière inutile aux États-Unis, le [Dr Gregory] Tasian [urologue pédiatrique] a qualifié cela de « théorie principale » pour l’augmentation des calculs rénaux chez les enfants.
Plus tôt une personne développe des calculs rénaux, plus elle a de temps pour développer une forme plus grave de la maladie et des problèmes de santé à long terme qui y sont associés », a déclaré Tasian. Certaines des conséquences incluent une perte de la fonction rénale, une diminution de la densité minérale osseuse pouvant entraîner des fractures, ainsi qu’un risque accru de maladies cardiovasculaires à l’âge adulte ».

Plus la durée du traitement antibiotique est longue, plus le microbiome est perturbé

Revenant à l'étude présentée, les chercheurs ont également démontré que les effets des antibiotiques sur le microbiote rénal dépendaient de la durée du traitement. L'utilisation à court terme d'antibiotiques entraînait des perturbations temporaires du microbiome, suivies d'une récupération après la fin du traitement.

Cependant, une exposition prolongée aux antibiotiques avait des effets plus durables, créant un environnement favorable aux bactéries favorisant la formation de calculs, au détriment des espèces protectrices. Ce changement souligne l'importance d'une utilisation prudente des antibiotiques pour maintenir un microbiome rénal sain.

De plus, l'étude a identifié des signatures microbiennes uniques dépendant de l'âge dans les reins humains, suggérant que le microbiome rénal évolue au fil du temps et influence le risque de maladies rénales non infectieuses.

Ces signatures variaient considérablement en fonction de la fonction rénale et de la présence de maladies, indiquant que le microbiome joue un rôle dans le maintien de la santé rénale. La stabilité et la réactivité du microbiome rénal aux antibiotiques soulignent encore son impact potentiel sur la fonction rénale globale et le risque de calculs.

Dans l'ensemble, la recherche fournit des preuves convaincantes que les reins hébergent un microbiote stable et sensible aux antibiotiques qui joue un rôle important dans la formation de calculs de calcium oxalate. En élucidant les mécanismes par lesquels des bactéries spécifiques influencent les processus de cristallisation, l'étude ouvre la voie à de nouvelles approches pour prévenir et gérer les calculs rénaux par la modulation du microbiome.

Prévenir les calculs rénaux en soutenant un microbiome rénal sain

Le diagnostic des calculs rénaux peut être complexe en raison de la variabilité des symptômes et des limites des examens d’imagerie. Bien que les techniques d’imagerie comme le scanner ou l’échographie soient couramment utilisées, elles ne permettent pas toujours de détecter les plus petits calculs ni d’identifier précisément les causes sous-jacentes.

Ces difficultés mettent en évidence la nécessité d’une approche plus globale, intégrant l’analyse du microbiome et d’autres facteurs sous-jacents. Une perspective plus holistique, associant l’étude du microbiome à des recommandations alimentaires personnalisées, permettrait d’améliorer la précision du diagnostic et l’efficacité des stratégies thérapeutiques.

Le maintien d’un microbiome sain est essentiel pour prévenir les calculs rénaux, car certaines bactéries bénéfiques jouent un rôle clé dans la dégradation des oxalates, responsables de la formation de calculs. Le mode de vie moderne perturbe cet équilibre, mais des mesures préventives permettent de restaurer et de préserver un microbiome protecteur pour les reins. Voici quelques stratégies pour réduire le risque de calculs rénaux :

1. Optimiser l’apport en glucides : consommer entre 200 et 250 grammes de glucides ciblés par jour pour soutenir le microbiome intestinal et la production d’énergie cellulaire. Les personnes très actives peuvent avoir besoin d’une quantité plus élevée.

Commencer par des glucides simples pour laisser l’intestin se reposer, puis intégrer progressivement des glucides complexes et des amidons à mesure que le microbiome se rééquilibre, en évitant les fibres en excès tant que l’intégrité intestinale n’est pas rétablie. Mon dernier livre, « Le secret de la santé cellulaire », explique en détail cette approche.

2. Maintenir un apport suffisant en protéines : viser environ 0,8 gramme de protéines par livre de masse corporelle maigre. Intégrer des sources riches en collagène pour représenter un tiers de l’apport quotidien en protéines, ce qui soutient la santé intestinale et réduit le taux d’oxalates. Un bon équilibre des sources de protéines contribue également au maintien de la masse musculaire et au bon fonctionnement du métabolisme, des éléments clés pour prévenir les calculs rénaux.

3. Stimuler la production d’énergie cellulaire : une énergie cellulaire optimale est indispensable pour maintenir l’équilibre bactérien dans les reins et dans l’ensemble du corps. Assurer un apport en glucides adapté aux besoins du microbiome et au niveau d’activité.

S’exposer régulièrement au soleil pour stimuler la fonction mitochondriale, tout en évitant une exposition excessive tant que les huiles végétales n’ont pas été éliminées de l’alimentation pendant six mois. Envisager l’utilisation de bleu de méthylène de qualité pharmaceutique à raison de 5 milligrammes par jour sous supervision médicale, ou privilégier le contact avec l’eau de mer pour réduire le stress oxydatif.

4. Éviter les aliments ultra-transformés et les huiles végétales : éliminer ces produits de l’alimentation pour limiter l’accumulation de l'acide linoléique (AL), un composé nuisible au microbiome et aux fonctions cellulaires.

Privilégier les matières grasses saines comme le suif, le ghee ou le beurre de pâturage, en quantités modérées. Limiter autant que possible la prise d’antibiotiques et de médicaments pouvant nuire aux bactéries intestinales bénéfiques, et privilégier des alternatives naturelles aux effets antimicrobiens, comme l’ail ou l’huile d’origan, lorsque cela est approprié.

5. Considérez l'utilisation du DMSO : le diméthylsulfoxyde (DMSO) est un composé naturel sûr et efficace dans le traitement de diverses affections, dont les calculs rénaux. Une étude menée sur six patients atteints de calculs rénaux (dont cinq confirmés par échographie) a révélé qu’une perfusion intraveineuse de DMSO avait permis de résoudre le problème en deux à trois séances (un patient obtenant une guérison complète dès la première perfusion).

Les oxalates alimentaires favorisent également la formation de calculs rénaux

Les oxalates sont des composés naturels présents dans de nombreux aliments végétaux, notamment les haricots, les céréales, les graines et les noix, les fruits, les baies et les herbes. Ils sont également appelés acides dicarboxyliques, ce qui signifie qu'ils sont composés de deux molécules de dioxyde de carbone (CO2).

Lorsque les oxalates se lient au calcium, ils forment des cristaux d’oxalate de calcium, des structures microscopiques aux bords tranchants qui provoquent des lésions tissulaires importantes. Ces cristaux, insolubles, s’accumulent progressivement et entraînent la formation de calculs rénaux. Les calculs de calcium sont le type principal, représentant 80 % des calculs rénaux.

Tout le monde doit se préoccuper des oxalates, pas seulement ceux qui souffrent de calculs rénaux ou d’autres problèmes de santé chroniques, de rigidité métabolique ou de déséquilibres minéraux. La première étape consiste à identifier les aliments riches en oxalate et à les supprimer de votre alimentation, jusqu'à ce que votre intestin soit guéri. Parmi les principaux aliments concernés figurent les épinards, les figues et les patates douces.

Un intestin en bonne santé atténue les effets des oxalates, mais avant d’y parvenir, il est essentiel de restaurer la flexibilité métabolique. Lorsque votre métabolisme manque de flexibilité, cela altère la capacité de votre organisme à produire de l’énergie et impacte profondément votre santé intestinale, en particulier celle de votre côlon, en entravant le maintien d’un environnement pauvre en oxygène dans cet organe.

Vous avez besoin d’un environnement pauvre en oxygène dans votre gros intestin, car non seulement il aide à contrôler les bactéries pathogènes, mais il permet également aux anaérobies obligatoires sains de se développer. Il s’agit d’un type primitif de bactéries qui ne peuvent pas survivre lorsqu’elles sont exposées à l’oxygène.

Les anaérobies stricts appelés Oxalobacter formigenes ont la capacité de digérer les cristaux d’oxalate. Grâce à des enzymes spécifiques, ces bactéries décomposent les cristaux d’oxalate en formiate et en dioxyde de carbone. Le dioxyde de carbone aide ensuite à retenir l’environnement pauvre en oxygène dans votre intestin, permettant ainsi à ces organismes primitifs de prospérer et de maintenir votre santé.

Par simple diffusion passive, les cristaux sont libérés et se retrouvent dans votre intestin où l'Oxalobacter continue de les digérer jusqu'à ce que les problèmes de toxicité de l'oxalate disparaissent.

En d’autres termes, il est essentiel d’optimiser la flexibilité métabolique afin de maintenir un environnement pauvre en oxygène dans l’intestin et de permettre aux bactéries Oxalobacter de réduire considérablement la concentration d’oxalates dans les tissus.

Au-delà d’une utilisation prudente des antibiotiques, cette approche me semble être la solution la plus efficace contre la majorité des calculs rénaux. Elle s’avère bien plus efficiente que les traitements conventionnels de cette affection courante, car elle cible directement la cause sous-jacente du problème. Pour en savoir plus sur ce sujet, consultez l’article « Les calculs rénaux chez les enfants sont de plus en plus répandus : voici les raisons de cette tendance croissante et comment lutter contre ce phénomène ».

🔎Sources et Références :